Materia organică se comportă diferit la groapa de gunoi comparativ cu groapa de compost. Presată sub tone de gunoi și pământ, călcată de buldozere, fără acces la oxigen, râme și bacterii aerobe, materia organică nu se descompune. Deșeurile organice sunt cele care determină formarea gazelor de depozit, compuse din metan, dioxid de carbon, oxid de sulf, hidrogen sulfurat și sute de alte substanțe organice volatile, care se pot aprinde provocând incendii la depozitele de deșeuri.
Materia organică de la groapa de gunoi provoacă și o altă problemă și anume formarea levigatului sau „sucul de gunoi”. Levigatul este un lichid toxic compus din apă și substanțe organice și minerale semi-descompuse. De asemenea, levigatul conține produse petroliere, substanțe chimice toxice și uleiuri uzate. Toate aceste substanțe ajung în sol și ulterior în apele subterane.
Formarea gazelor de depozit și a filtrului poate fi evitată în cazul în care deșeurile organice nu vor mai fi transportate la depozitul de deșeuri.